如何在Windows电脑上使用LDSC软件(2)------LDSC的安装

发布时间 - 2025-07-19 00:00:00    点击率:

在上一期的内容中,我们已经完成了linux子系统的安装,今天我们将在linux子系统上安装ldsc,这是一个不小的挑战!!!

以下Linux代码用于升级相关软件:

sudo apt-get update
sudo apt-get install --reinstall build-essential

接下来,下载Anaconda的Linux版本(https://www./link/07c4e1bc5b4228901136e90dad3209a2。

LDSC最简单的安装方法是按照官方网站提供的步骤(https://www./link/8451dd97e66989d4b6d30d118cb8270e):

git clone https://www./link/8451dd97e66989d4b6d30d118cb8270e.git # 下载ldsc
cd ldsc # 进入ldsc文件夹
conda env create --file environment.yml # 配置ldsc环境
source activate ldsc # 激活ldsc环境
./ldsc.py -h # 查看ldsc程序是否能正常运行
./munge_sumstats.py -h # 查看munge_sumstats是否能正常运行

如果上述步骤无法完成LDSC的安装,建议按照以下教程进行安装:

首先,自行创建一个名为ldsc的工作环境:

conda create --name ldsc
source activate ldsc # 激活并进入ldsc环境

此时,系统的前面会出现(ldsc)这样的小标志,如下图所示:

如果有代理,建议开启代理,这样可以直接使用bioconda下载相关依赖包。如果无法使用代理,可以使用国内的镜像:

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels http://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

接下来,逐步安装所需的软件和安装包:

conda install python=2.7 # 安装python 2.7
conda install pybedtools=0.7 # 安装pybedtools 0.7
conda install nose=1.3 # 安装nose 1.3
conda install bitarray=0.8 # 安装 bitarray 0.8
pip install scipy==0.18 # 安装scipy 0.18
pip install pandas==0.20 # 安装pandas 0.20
pip install numpy==1.16 # 安装numpy 1.16
export PATH=~/ldsc:$PATH # 配置环境变量
echo $PATH

然后,我们输入 ldsc.py -h,如果出现如下页面,说明安装成功:

这样,我们就完成了LDSC的安装,希望能给大家带来帮助。在下一期内容中,我将带大家进行LDSC实例分析和结果解读。


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