FIMO生成的HTML报告采用标准HTML5结构，以开头，根元素为，含（含title、内联CSS、排序/筛选JS）和（含id="content"包裹的fimo-table表格），表格含固定表头、1-based坐标、碱基着色、原生排序与搜索功能，纯静态内联实现。

HTML文件顶层结构是标准的HTML5文档骨架

FIMO生成的HTML报告默认遵循声明，根元素为，内部包含和两大部分。其中里有固定（通常为“FIMO Results”）、内联CSS样式（无外部引用）、以及用于排序/筛选的JavaScript片段；则以包裹全部可视化内容。

核心表格结构用承载结果数据

所有匹配位点都渲染在单个主表格中，表头固定包含：sequence_name、start、stop、strand、score、p-value、q-value、matched_sequence。注意：start和stop基于1-based坐标系，与BED格式一致；matched_sequence列显示实际比对上的DNA子串（大写），两侧用小写字母标出上下文（若输入FASTA提供足够侧翼）。

• 表格支持原生HTML排序：点击任意表头可按该列升/降序排列
• 每行

带data-strand、data-score等自定义属性，供JS交互使用

当结果超1000行时，FIMO默认只渲染前1000条（不截断原始TSV，仅HTML视图限制）

CSS样式集中在标签内，无外部依赖

FIMO输出的HTML自带完整内联样式，不加载任何CDN或外部CSS文件。关键样式规则包括：

• table.fimo-table设为border-collapse: collapse，单元格边框统一为1px solid #ccc
• .fimo-table th背景色为#f2f2f2，加粗且带悬停高亮
• .fimo-table td中matched_sequence列的碱基用等分别着色（A=green, C=blue, G=orange, T=red）
• 响应式处理极弱：表格无overflow-x: auto，宽屏下可能横向溢出

JavaScript逻辑仅用于前端交互，不发起网络请求

嵌入的脚本块只做三件事：绑定表头点击排序、实现搜索框实时过滤、高亮当前选中的motif位置。所有逻辑运行在本地，不调用fetch或XMLHttpRequest，也不依赖jQuery等库——纯原生DOM操作。

• 排序算法稳定，但对p-value这类科学计数法字符串按字典序排（如1e-10会排在1e-5前面）
• 搜索框默认匹配sequence_name

  

  和matched_sequence两列，不区分大小写
• 若用浏览器“查看源代码”打开HTML，会发现末尾有注释，版本号随实际运行版本变化

FIMO的HTML结构简单直接，但它的“静态性”恰恰是双刃剑：便于离线查看，也意味着无法动态加载更多结果或切换motif——所有内容都在生成那一刻固化了。

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